मत्स्य पालन से होने वाली बीमारियों पर विचार किया जाना चाहिए क्योंकि कुछ बीमारियाँ उपभोग के दौरान मनुष्यों में फैल सकती हैं और कुछ शीघ्र ही घातक हो सकती हैं। यह जलीय स्वास्थ्य को बिगाड़ता है। माइकोबैक्टीरियोसिस और नोकार्डियोसिस, अनिसाकिस नेमाटोड, क्रेफ़िश हैंडलर रोग ('सील फिंगर') मछली रोगों के सामान्य प्रकार हैं।