कुछ एंजाइम केवल कुछ सब्सट्रेट्स से ही बंधते हैं। विशिष्टता के 4 प्रकार हैं, वे पूर्ण विशिष्टता, समूह विशिष्टता, लिंकेज विशिष्टता और स्टीरियोकेमिकल विशिष्टता हैं, जो उनके स्टेरिक साइटों, उनके द्वारा होने वाली प्रतिक्रियाओं की संख्या, समूहों, उनके द्वारा बनाए गए बंधन के प्रकार पर निर्भर करता है।
सब्सट्रेट एंजाइम से अपेक्षाकृत छोटा होता है। इसलिए, सब्सट्रेट एंजाइम के एक हिस्से के साथ बंधता है। सब्सट्रेट एंजाइम से कमजोर बंधन बलों जैसे हाइड्रोजन बांड, इलेक्ट्रोस्टैटिक इंटरैक्शन और द्विध्रुवीय-द्विध्रुवीय इंटरैक्शन के साथ जुड़ा हुआ है। सब्सट्रेट आमतौर पर एंजाइमों के पूरक होते हैं। हालाँकि, यह संभव है कि वे एक-दूसरे के साथ पूरी तरह फिट न हों। ये बंधन बल कॉम्प्लेक्स को अधिक स्थिर होने में मदद करते हैं। टर्नरी कॉम्प्लेक्स से जुड़ी दो सब्सट्रेट प्रतिक्रियाओं के मामले में, प्रतिक्रिया से पहले दो सब्सट्रेट्स को एक दूसरे के करीब बांधा जाना चाहिए। यदि दो सब्सट्रेट आसन्न नहीं हैं या एक दूसरे को स्थानिक रूप से बंद नहीं करते हैं तो प्रतिक्रिया को आगे बढ़ाना असंभव है। मामले से, एंजाइम में कुछ स्थैतिक विशिष्टता होनी चाहिए।
सब्सट्रेट विशिष्टता के संबंधित जर्नल
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